Le Mac + OpenSource : le couple gagnant en imagerie médicale
Nous nous sommes fait l’écho à plusieurs reprises des efforts payants d’Apple pour démontrer les performances des solutions matérielles et logicielles Mac dans le domaine de la Bioinformatique et de la Génomique. Aujourd'hui, c’est le monde de l’imagerie médicale qui bénéficie à la fois de la puissance et de la souplesse du Mac alliées à une application OpenSource.
Antoine Rosset, médecin à l’Hôpital Universitaire de Genève, a développé une application pour le traitement des images médicales générées soit par les techniques modernes d’imagerie (IRM, PET, CT, PET-CT, …) soit par les outils de recherche tels que les microscopes confoncals. Son nom : OsiriX. On en avait déjà parlé lors de son lancement il y a environ 1 an; mais aujourd'hui le succès rencontré et la mise a jour du logiciel nécessitent un petit rappel.
Voici ce que la "Plate-Forme Imagerie Dynamique (PFID)" de l’Institut Pasteur rapporte à ce sujet :
Exceptionnel logiciel de reconstruction 3D et 4D fonctionnant parfaitement sur des images de microscopie (lecture des formats LSM, TIFF et BioRad, utilisez "huygens essentials" pour convertir les autres formats). Les reconstructions réalisées sont de très grande qualité. Le surface rendering est notamment bien meilleur que celui de ses concurrents payants. Logiciel gratuit et open source évoluant très rapidement, fonctionne uniquement sur MacOS X 10.3. Un appareil performant est nécessaire (G5).Quand on voit la qualité des échantillons d’images et le rendu obtenu, c’est très impressionnant, mais il faut évidemment une "grosse" configuration pour la faire tourner (PMG5 et beaucoup de RAM). On peut également voir l’utilisation d’un iPod Photo qui permet de montrer sur un écran les images générées. La plateforme Mac et ses applications comme iChat permettent également de faire de la vidéoconférence, tout en ayant les fichiers de rendu et d’analyse disponibles pour tous.
Une aute application issu de SourceForge.net existe également pour la visualisation des fichiers DICOM: http://irad.sourceforge.net/